Arquivo Cãofidencial mostra as aventuras do cachorro detetive Kojeka, que juntamente com um jovem casal de irmãos, descobrem ladrões, falsificadores e o pior de tudo: enfrentam o inoportuno Zé Quati. Kojeka é sonolento e atrapalhado, mas seu sensível focinho pisca e faz barulho quando há pistas por perto. Assim, o grupo acaba entregando os mal-feitores ao Xerife Pé-de-Mula e seu assistente Janjão.