Já há mil anos desde que Gauna, uma estranha raça alienígena sem um modo conhecido de comunicação, destruiu o sistema solar. Uma porção da humanidade conseguiu fugir usando enormes "naves-semente" como o Sidonia, que permitiram manter a população salva no espaço. Nagate Tanizake é um jovem que cresceu nos porões dessa nave. Quando ele começa a treinar para pilotar enormes robôs conhecidos como Gardes, Nagate é instruído a pilotar uma unidade lendária chamada Tsugumori. Nagate e seus companheiros colocam suas vidas contra os Gauna, em uma batalha pela sobrevivência da humanidade!

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