Depois que um inferno misterioso matou sua família, Shirou é salvo e adotado por Kiritsugu Emiya, que lhe ensina os caminhos da magia e da justiça. Uma noite, anos após a morte de Kiritsugu, Shirou está limpando a escola, quando se encontra no meio de um encontro mortal entre dois super-humanos conhecidos como Servos. Durante sua tentativa de fuga, ele é pego por um dos Servos e recebe um ferimento com risco de vida. Milagrosamente, ele sobrevive, mas o mesmo Servo retorna para terminar o que começou. Em desespero, Shirou convoca um Servo de sua preferência, um cavaleiro chamado Saber. Os dois agora devem participar da Quinta Guerra do Santo Graal, uma batalha de sete servos e os magos que os convocaram, com o grande prêmio sendo nada menos que o onipotente Santo Graal.