A história se passa em 1969, um período em que o Japão está passando por um desenvolvimento econômico e social intensa após o fim da Segunda Guerra Mundial, em 1945. Sem o conhecimento dos seres humanos, seres alienígenas de outra dimensão, chamados de "Invaders" (インベーダー, Invēdā?), surgem com o plano de dominar o mundo, enviando diversos agentes para causar estragos nas cidades, transformando as pessoas em lacaios dos robóticos. Na tentativa de deter os Invaders e defender o planeta, uma organização de elite altamente secreta chamada Alien Exterminating Global Intercept System (lit. Sistema Glboal de Interceptação e Exterminação de Aliens; A.E.G.I.S), foi criada com financiamento do governo. Eles contam com a capacidade dos "Gate Keepers", que têm o poder de abrir portões dimensionais através de uma energia paranormal que dá a eles superpoderes. Estes superpoderes são as únicas coisas que tem efeito sob os Invaders