Após passar a sua infância na França, Mary (Clémence Poésy) retorna para a Escócia para assumir o seu trono como rainha. Jovem, cristã e inexperiente, ela vai enfrentar vários inimigos. Tramando contra ela estão: seu marido, seu meio-irmão e sua arqui-inimiga, a poderosa Elizabeth I (Catherine McCormack). Envolta em conspirações, Mary passa seu tempo tentando contorná-las.