Situado no ano de 2000 (entre os eventos de Patlabor e Patlabor 2), quando o nível de acidentes de trabalho começa a aumentar em torno da Baía de Tóquio, os detetives da polícia Kusumi e Hata são designados para investigar. O que eles descobrem leva a uma série de encobrimentos do governo, conspiração relativa a uma nova arma biológica intitulada Treze Desperdiçados WXIII e uma conexão pessoal trágica com Hata. A única esperança de acabar com essa ameaça é cooperar com os militares e levar o WXIII a um confronto com o Labors of Special Vehicle Division 2.